Ordernr. | 866 |
Analysenaam | ddPCR plasma ('liquid biopsy') - 5 EDTA volbloed stalen - 2 EDTA volbloed buizen (totaal 8ml volbloed) |
Aanvraagformulier | Aanvraag Moleculair Pathologisch Onderzoek |
Synoniemen | digitale PCR, droplet digital PCR, plasma, liquid biopsy |
Eenheid | copies/ml plasma en fractional abundance (%) |
Opmerking extern | Droplet digitale PCR (ddPCR) wordt uitgevoerd op het QX200 toestel (BioRad) met een commerciële primer en probe mix (BioRad). Er zijn voor EGFR assays beschikbaar voor EGFR p.(Leu858Arg), p.(Thr790Met), p.(Cys797Ser), en een exon 19 deletie multiplex. Er zijn voor ESR1 twee multiplex assays beschikbaar. De eerste detecteert c.1138GC/p.(E380Q), c.1607TG/p.(L536R), c.1610AG/p.(Y537C), en c.1613AG/p.(D538G). De tweede multiplex detecteert c.1387TC/p.(S463P), c.1609TA/p.(Y537N) en c.1610AC/p.(Y537S). Er zijn daarnaast nog verschillende andere assays beschikbaar in het lab voor gepersonaliseerde ziekte-monitoring. Droplet digitale PCR bezit een aantal voordelen ten opzichte van qPCR, waaronder een precieze en gevoelige kwantificatie zonder gebruik van een standaardcurve. De test maakt gebruik van de FAM/HEX fluorescentie combinatie. FAM (blauw) kanaal voor mutatiedetectie en HEX (groen) kanaal voor wildtype detectie. minimaal twee, en idealiter vijf 4ml EDTA-volbloed tubes zijn noodzakelijk voor voldoende plasma bereiding. Data analyse gebeurt met behulp van de Quantasoft software (BioRad). Rapportering aan de hand van aantal gedetecteerde kopijen per ml volbloed (en variant frequentie; VAF).
|
Klinische informatie | Een gen is een stukje DNA dat vertaald wordt naar een eiwit. Deze eiwitten nemen deel aan bepaalde processen in de cel, zoals celgroei, celdeling, of invasie in de omliggende weefsels. Een kankercel wordt gekenmerkt door wijzigingen in genen (mutaties) waardoor de ontstane eiwitten ontregeld zijn en de cel bijvoorbeeld ongeremd kan groeien en delen. Sommige veranderingen in het DNA gaan gepaard met de tumor initiatie en zijn aldus vroeg aanwezig in de tumorale ontwikkeling. Deze specifieke mutaties noemt men 'driver' mutaties en zijn stabiel aanwezig in elke tumorcel en in eventuele uitzaaiingen. Zoals andere cellen, kunnen deze kwaadaardige tumorcellen eveneens DNA uitscheiden, en dit zowel door actieve secretie als passief ten gevolge van bijvoorbeeld celdood. Dit DNA komt vervolgens in de bloedstroom terecht waar het 'circulerend tumor DNA' (ctDNA) wordt genoemd. De 'liquid biopsy' is een term die verwijst naar de analyse van dit circulerend tumor DNA aan de hand van een bloedafname in plaats van analyse op -invasief verkregen- weefsel. Er zijn overtuigende klinische data beschikbaar (bvb Ding PN et al. Lung Cancer 2019) die de hoge concordantie van DNA mutaties op enerzijds weefselbiopsie en anderzijds 'liquid biopsy' aantonen waardoor de mutatie analyse op bloed kan beschouwd worden als een snelle en niet-invasieve methode die de mutationele status weerspiegelt van de totale tumorale lading (primaire tumor én metastasen) van de patiënt. Indien deze analyse periodiek wordt uitgevoerd (monitoring) kan een stijging of daling van een tumor-gerelateerde mutatie mogelijks als een predictieve merker gebruikt worden voor diverse klinische fasen zoals bepaling van chirurgische en/of therapeutische efficientie, tumor progressie, en therapeutische resistentie. |
Externe links | |
Recipiënt 1e keuze | 5 EDTA volbloed stalen |
Minimale hoeveelheid | 2 EDTA volbloed buizen (totaal 8ml volbloed) |
Afnamecondities | afname EDTA-volbloed volgens routine voorschrift.
mail na registratie zodat mlt onmiddellijk plasma kan bereiden. Plasma wordt bewaard bij -80°C tot start analyse. |
Transportcondities | EDTA volbloed op kamertemperatuur. |
Stabiliteit 4°C | plasma bereiding binnen 24h |
Dringend | Nee |
Uitvoerfrequentie | 1x/2weken |
Antwoordtijd | 8-16d |
Accreditatie (BELAC 377-MED) | Nee |
Aanrekening | / |
Doorstuuranalyse | Nee |
Categorie | Moleculaire biologie hemato-oncologie |
Referentiewaarden | |
Referentiewaarden laatste wijziging | |
bijlage |