| Ordernr. | 856 |
| Analysenaam | NGS hematologische aandoeningen DNA (Capture based TWIST) - EDTA volbloed, beenmerg - 200µl |
| Aanvraagformulier | Aanvraag Moleculair Pathologisch Onderzoek |
| Synoniemen | NGS hemato, myeloproliferatieve neoplasmen, MPN, myelodysplasie, MDS, acute myeloide leukemie, AML, MPN/MDS, LPL, Waldenstrom, sequencing, next-generation, moleculaire biologie, hybridisatie, JAK2 exon 12 / 14. Code 856 betreft uitgebreide analyse (desbetreffende genen zie onder). Indien énkel JAK2 V617F (exon 14) dient te worden geanalyseerd, dient de code 865 te worden aangevraagd (ddPCR). |
| Eenheid | |
| Opmerking extern | Het NGS hematopanel is een
custom-designed en door TWIST ontwikkelde pre-analytische library prep (capture
based) voor gebruik op de Illumina sequencers. De target regio’s voor het
hematopanel werden door AZ St. Lucas gedefinieerd. Volgende 72 genen worden
geanalyseerd op puntmutaties (SNV) en kleine inserties en deleties (indels): ABL1, ANKRD26, ARID1A, ASXL1, ATM,
BCOR, BCORL1, BIRC3, BRAF, BTK, CALR, CBL, CBLB, CBLC, CCND3, CD79B, CDKN1B,
CDKN2A, CEBPA, CSF1R, CSF3R, CXCR4, DDX41, DNMT3A, EED, ETNK1, ETV6, EZH2,
FBXW7, FLT3, GATA2, GNAS, H3F3A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, KDM6A, KIT, KLF2,
KRAS, MAP2K1, MPL, MYD88, NF1, NFE2, NOTCH1, NOTCH2, NPM1, NRAS, NUDT15,
PDGFRA, PHF6, PLCG2, PPM1D, PTPN11, RAD21, RUNX1, SAMD9L, SETBP1, SF3B1, SH2B3,
SRSF2, STAG2, STAT5B, TET2, TP53, TPMT, TRAF2, U2AF1, WT1, ZRSR2. - interne tandem duplicaties (ITD)
in het FLT3 gen (PINDEL) - indels in het CALR gen (PINDEL) - chromosomale aberraties 5q, 11q, 13q, 17p, 12 (grafische weergave van
hypervariabele SNP’s) Er worden uitsluitend
(vermoedelijk) pathogene mutaties met een variant allel frequentie (VAF) vanaf
5% bij minimaal 200x gerapporteerd (rapporteringslimiet). In geval van een
specifieke klinische vraagstelling kunnen (vermoedelijk) pathogene varianten
vanaf 2% VAF bij >500x worden gerapporteerd (detectielimiet). Indien lagere
coverage optreedt, wordt de VAF cutoff trapsgewijs verhoogd: <50x: geen variant calling
mogelijk 50x - 199x coverage: VAF vanaf 10% 200x - 499x coverage: VAF vanaf 5% vanaf 500x: coverage: VAF vanaf 2% Klinische classificatie aan de hand van drie klassen: - Klasse I: Significant klinisch belang - Klasse 2: Mogelijk klinisch belang - Klasse 3: Ongekende klinische betekenis De tumor suppressorgenen (ARID1A,
ASXL1, ATM, BCOR, BCORL, BIRC3, CEBPA, DDX41, DNMT3A, EED, ETV6, EZH2, FBXW7,
GATA2, KLF2, NF1, PHF6, RUNX1, SH2B3, STAG2, TET2, TP53, TRAF2, ZRSR2) worden
full-exon getarget doch te laag gecoverde regio’s (drop-outs) kunnen niet
uitgesloten worden. Voor de biologische en klinische interpretatie van varianten
worden diverse bronnen gebruikt: WHO gids (2016) www.mycancergenome.org https://pct.mdanderson.org www.cbioportal.org www.varsome.com https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic www.oncokb.org www.ckbhome.jax.org https://p53.iarc.fr/ http://vps338341.ovh.net/ (TP53
seshat database) https://cpicpgx.org/guidelines/ https://www.compermed.be/nl/guidelines Enkel de aanwezigheid
van SNV en kleine inserties en deleties (inclusief FLT3 ITD) zijn ISO15189
geaccrediteerd (377-MED). De detectie van chromosomale aberraties (e.g. 5q deletie,
17p deletie) zijn niet geaccrediteerd (377-MED). In bijlage: De werkstroom voor de (biologische en klinische) classificatie van varianten Gebruikte transcriptnummers Indicaties en klinisch-relevante genen Algemene info NGS panels Uitvoering: Nucleïnezuurextractie: maandag en/of dinsdagnamiddag Library prep: woensdag en donderdag Sequencing: donderdag Rapportering: vrijdag (variaties mogelijk) In het panel zijn genen opgenomen die geassocieerd zijn met kankersyndromen en aldus bij VAF 40-60% en >90% kunnen wijzen op een familiaal kankersyndroom. Bij omschakeling naar de nieuwe methode werd verwezen naar het feit dat geen onderscheid kan gemaakt worden tussen somatische of kiemcel varianten, naar analogie met de vorige methode. De voornaamste kankersyndromen zijn: - HBOC borst - ovarium BRCA1 BRCA2 - Cowden pan cancer PTEN - Lynch/HNPCC gastrointestinaal - endometriaal mutatie in MMR genen - MSI-high fenotype - Li-Fraumeni pan cancer TP53 - MEN (endocriene klieren) hypofyse, parathyroid, en pancreas MEN1 medullair thyroid carcinoom MEN2 - FAMMM (familiaal) melanoom CDKN2A - Germinale predispositie
myeloiede neoplasie DDX41, GATA2, ETV6, ANKRD26 Het al dan niet doorsturen naar een Centrum voor Menselijke Erfelijkheid is de verantwoordelijkheid van de (behandelende) arts. FLT3 ITD Er worden op DNA niveau interne
tandem duplicaties opgespoord met het NGS hemato panel. Uit de validatiedata
blijkt dat deze ITD’s gevoelig kunnen gedetecteerd worden tot 126bp. Grotere
tandem duplicaties (e.g. 285bp) -doch weinig frequent- kunnen eveneens worden
gedetecteerd maar parallele analyse op RNA niveau is aangewezen. CEBPA CEBPA mutaties in het TAD en bZIP
domein hebben klinische implicaties bij AML. Het validatierapport toont
adequate coverage voor gevoelige detectie van varianten in de desbetreffende
target regio's. CALR 52bp deletie CALR 52bp deletie wordt gevoelig
gedetecteerd met gebruik van PINDEL. Volgende interne afspraken betreffende archivering van sequencing data:
1. Intern: volledige ‘pull’ van S3 processed data: 5 jaar bijhouden van deze output data Na 5 jaar worden alle data verwijderd 2. Intern: fastq’s: 1 jaar bewaring 3. Extern (AWS): fastq’s én processed data 1 maand bewaring |
| Klinische informatie | / Zie 'Opmerking extern'. |
| Externe links | / |
| Recipiënt 1e keuze | EDTA volbloed, beenmerg |
| Recipiënt alternatief | genomisch DNA (100ng in 40µl) |
| Minimale hoeveelheid | 200µl |
| Afnamecondities | Afname van EDTA volbloed/beenmerg volgens standaardprocedure klinisch lab |
| Transportcondities | Transport van EDTA volbloed/beenmerg volgens standaardprocedure klinisch lab |
| Stabiliteit 4°C | Bij voorkeur onmiddellijk bewaren bij -20°C. Stabiliteit bij +4°C: maximum 2 weken gevolgd door DNA extractie; -20°C: maximum 8 weken bewaring gevolgd door DNA extractie |
| Dringend | Nee |
| Uitvoerfrequentie | 1x/ week |
| Antwoordtijd | 3-14 dagen |
| Accreditatie (BELAC 377-MED) | Ja |
| Aanrekening | Ja, cfr. RIZIV nomenclatuur. |
| Doorstuuranalyse | Nee |
| Categorie | Moleculaire biologie hemato-oncologie |
| Referentiewaarden | |
| Referentiewaarden laatste wijziging | |
| bijlage | Datastroom.pptx NGS VHO Overzicht.pptx |
